martedì 25 marzo 2008

Buon Compleanno, Megamatrice!

Megamatrice, il colossale lavoro filogenetico germinato dalla mia tesi di laurea del 2002-3, iniziò il suo iter ufficiale (ovvero testato con PAUP) alla fine di marzo del 2004. Questo è il testo parziale della corrispondenza elettronica tra me ed il Sarmatese, del 27 marzo 2004, data ufficiale dell’inizio di Megamatrice. La primissima versione aveva 514 caratteri e testava un primo scaglione di solo 32 taxa. Tre mesi dopo, eravamo già a quota 119 taxa, mentre per avere un primo aumento dei caratteri bisognerà attendere circa un anno.

Demiurgo: Ciao, Clark Kent di Piacenza!
Sarmatese: Preferisco migliaia di volte Bruce Wayne (che però non mi assomiglia per niente) o Peter Parker (questo si adatta meglio...).
Demiurgo: Eccoti il primo scaglione dei taxa della megamatrice!
Sarmatese: Che bello!
Demiurgo: Spero che l’impaginazione dei caratteri non crei problemi...
Sarmatese: non ne crea, va benissimo. Ho dovuto solo togliere i numeri dopo brontoTATA (se no li legge come caratteri) e poco altro...
Commento: qui il Sarmatese si riferisce ad un esemplare di teropode catalogato con la sigla TATA0012, ancora privo di nome scientifico ma noto informalmente tra gli esperti come “Brontoraptor”, un probabile torvosaurino. Nell’impostazione del programma, ha dovuto cancellare la parte “0012” dalla sigla del taxon, altrimenti PAUP interpreterebbe quelle cifre come le codifiche dei primi quattro caratteri e non come parte del nome del taxon.
Demiurgo: i caratteri sono scritti in pacchetti da 5 (40 per riga) per agevolarne la lettura e per non sconvolgermi la vista durante la compilazione.
Sarmatese: ok
Commento: a quei tempi non avevo ancora il programma di codifica delle matrici NDE, e codificavo manualmente direttamente sulla matrice in formato txt... un vero lavoraccio anche con solo 514 caratteri! Con NDE, il lavoro di codifica e/o correzione è diventato molto più rapido.
[...]
Demiurgo: Allego inoltre l’ultima e ormai definitiva lista dei caratteri (dopo questa mail con già lanciata la prima parte della matrice verrà modificata solo nella descrizione dei caratteri ma non nella lista degli stessi).
Sarmatese: sarà vero?
Commento: ovviamente, il Sarmatese aveva ragione a dubitare... a quattro anni da quel giorno, Megamatrice ha quasi 900 caratteri, ed un numero imprecisato di quei primi 514 presenti allora è stato modificato e ridefinito.
Demiurgo: Ciau e buon pauppamento!
PS: credo che fino ad almeno 50 dei taxa inseriti non sarà necessario mandarmi la lista dei caratteri in Acctran/Deltran, ma solo il consenso e il majority rule, perché probabilmente ci saranno molti nodi che più avanti scompariranno (come ci ha insegnato la Spinomatrice).
Commento: Spinomatrice era una matrice sulla filogenesi degli spinosauridi che avevamo in programma a quei tempi (il Sarmatese stava preparando l’articolo sul rostro di Spinosaurus presente al MSNM): con l’inizio della Megamatrice, preferimmo confluire le energie in un unico progetto, Megamatrice appunto, che avesse il pregio di poter testare la posizione di qualsiasi teropode senza dover ogni volta creare una nuova matrice ad hoc.

1 commento:

  1. Auguri! Alla prima presentazione pubblica di megamatrice io c'ero!

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